寺伝によると飛鳥時代（1300～400年前）の名刹であったとされ、和泉で一番古い歴史を誇る。
伽藍配置は奈良法隆寺様式の七堂伽藍を誇っていたが天正8年（1580年）に織田信長により焼却され現今に至る。
創建当時、この近辺の寺としては、地方豪族であった茅渟県主が建立した和泉寺（廃寺）、池田氏が建立した池田寺（現明王院）、そして坂本氏が建立したこの阪本寺（現禅寂寺）である。
坂本臣は武内宿禰の子孫であり紀氏と同族であると伝えられており、阪本町近辺を本貫とし、一部は讃岐にも幡居すりゅ有力な氏族で壬申の乱で天皇に味方し功をあげ、天武天皇2年（764年）小紫の位階を授けられ後に朝臣の姓をさずけられたという。