寺伝によれば、白鳳10年（670年）に法道（空鉢）によって開基され、山号は法道が当地に鉢を納めたことに因んでいるという。多くの支院・支坊を有し、当初は長福寺（ちょうふくじ）という名称であった。平安時代前期には空海をはじめ最澄や円仁などがこの寺に参篭したという。多くの寺領が寄進され隆盛をきわめた時期もあったが、兵火にあって衰退した。
江戸時代、江戸幕府第8代将軍徳川吉宗の嫡男・長福丸（ながとみまる、後の9代将軍家重）が将軍後継となったため同じ「長福」の漢字を使うのを避けて法道寺と改められた。

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