始まりはお寺ではなく、天神様を祀るお宮の一角に開かれた僧侶の庵(仮住まい)になります。そのお宮は、大友家初代能直公が京都の北野天満宮から勧請した『府内天神』をお祀りした由緒あるお宮でした。
西暦1212年・建暦の元号、鎌倉時代に祀られ800年以上鎮座し今も大切にお祀りしています。
西暦1500年頃(室町時代)に東国(現在の千葉中山法華経寺)よりお題目布教に訪れた僧侶円応。
その法華経説法を聴聞し感銘を受けた神官の招きで、『府内天神』境内に庵を結びました。
そののち所領を管轄していた大友家の庇護を請け、大分では有名な宗麟(義鎮)公の父親義鑑公を開基として寺領五百石を賜り、京都頂妙寺を本山とする法華宗の一寺院となったのが常妙寺の始まりです。

常妙寺は長く寺町（現都町）にてお題目布教拠点となっていました。
しかし、昭和20年の大分空襲により、伽藍・資料の大半を焼失。第24世志田原上人が、戦後混乱の最中僧俗一体となって、本堂・庫裏等を再建いたしました。昭和６０年を迎える頃、老朽化甚だしい建物と今後のお寺のあり方を鑑みて、先代日昇上人と時の総代役員を中心に、遷座移設の計画・実行となりました。平成２年に当地にまずは現在の会館を建設。会館に本堂を仮設して、平成４年に本堂の正式な本堂落成となりました。
（常妙寺公式HPから引用）

十界大曼荼羅
一塔両尊四師

本宮山

1500年頃

円応・大友義鑑