神武天皇御遷都の砌大合戦の墨坂の地に祭祀せられていた大神でその地名を称号し墨坂大神と申している。崇神天皇の御代（西暦370年）国中に疫病が蔓延したため赤盾、赤矛を幣帛として御勅祭せられ又天武天皇白鳳元年（西暦673年）に大来皇女を使者として奉幣されたとも伝えられている。
文安六年（西暦1450）に墨坂から現在の地に遷座された。
本殿は元治元年（西暦1864年）御造営に際し南都春日大社の旧本殿を拝領し建造したものである。
新抄格勅符抄によれば天応元年（西暦781年）「墨坂神一戸信乃」とあり長野県須坂市に御分社が二社ある。
例祭は十一月三日で古式により、渡行式が執り行われる。