当神社は、第十一代垂仁天皇の御世(約２０００年前)に創祠せられ、御本社大神神社で大物主神「和魂」をお祀りしているのに対して、「荒魂」をお祀りしています。
「荒魂」とは進取的で活動的なおはたらきの神霊で、災事などに顕著なおはたらきをされます。特に心身に関係する篤い祈りに霊験あらたかな御神威をくだされ、多くの人々から病気平癒の神様として崇められています。
今「くすり祭り」と知られる鎮花祭は、西暦８３４年の『令義解』に「春花飛散する時に在りて、疫神分散して癘を行ふ。その鎮遏の為必ず此の祭あり。故に鎮花といふ也。」と記され、万民の無病息災を祈る重要な国家の祭として定められています。予って、別名、華鎮社・しずめの宮と称されています。
又、御社名の「狭井」とは神聖な井戸・泉・水源を意味し、そこに湧き出る霊泉は太古より「くすりの水」として信仰の対象となっています。［狭井神社由緒書きより］

《主祭神》
大物主大神荒魂神(おおものぬしのおおかみのあらみたまのかみ)
《配祀神》
大物主神(おおものぬしのかみ)
媛蹈鞴五十鈴姫命(ひめたたらいすずひめのみこと)
勢夜多々良媛命(せやたたらひめのみこと)
事代主神(ことしろぬしのかみ)