当社歴史は古く詳細は不明であるが、建御名方神が信濃に入り諏訪を統合する途中、当地に立ち寄られたのでこの地に祀られたとされる。大神は信濃を内県（うちあがた）[諏訪地方]、大県(おおあがた）[佐久地方]、外県（そとあがた）[伊那地方]に区分して統治され、当社は外県の大社として別格とされ「外県大宮諏訪神社」と称せられる。
記述によると建久5年（1194）地頭近藤六郎周家により再建されたとあるが、その後世の乱れと共に荒廃し亨禄年間（1528）頃東渓和尚により長久寺の鎮守として、諏訪から分霊を迎えて再建された。江戸時代には歴代の飯田城主より厚く崇拝された。
正徳5年（1715）の大水害（未満水）[ひつじまんすい]の折、大神の加護により災難を免れたので長らく中断されていた「お練り祭り」が復活し、寅と申の年に行う申し合わせがなされて今日に至るが、近年では伊那谷一円の一大祭礼となっている。