明治41年3月21日、当社に垣鼻町字世古出の八雲神社（須佐之男命）ほか12社を合祀し、神社名も香具土神社から神戸神社へと改称した。しかし、昭和26年3月に、それまで合祀されていた八雲神社、皆月神社、八幡神社の三社を合祀以前の地にもう一度奉斎したいという地元氏子の強い要望により部田久保町に八雲神社を、上久保町に皆月神社を、久保二町会に八幡神社をそれぞれ分祀した。また昭和16年に、大津町に奉祀されていた御乳母稲荷神社を境内社として当社神域に奉遷した。　（神戸神社由緒書の一部引用）