雲祥院の開創について2説があるが、開創は1598年といわれている。
そのひとつは、後の熊本藩家老・長岡是庸が海山元珠を開山として亀仙庵を開創したといわれている。もう一説は上杉景勝の家臣・千坂宗策の創建とのこと。
海山元珠は祥雲寺（豊臣秀吉の開創）住職でもあったが、１６１５年徳川家康が祥雲寺を廃寺にして智積院に寺地を提供したことに抵抗を示すために、亀仙庵を雲祥院と改名したと伝えられている。

開基：長岡是庸または千坂宗策　開山：海山元珠