大本山妙心寺の塔頭の一であり、妙心寺中興開山　日峰宗舜禅師の塔所である。
応永の乱（1399年）で、足利義満により廃絶に追い込まれた妙心寺を中興する為に上洛した日峰宗舜が、開山塔の隣に庵を設けたのが養源院の始まりである。
その後、細川持之の保護の下に文安五 年（1448年）に本堂等が創立され、寺観が整えられていった。
応仁の乱にあい、堂舎を焼いたが、文明十年（1478年）四月に再興された。
現在の本堂は棟札から慶長４年（1599年）に造営されたことが判明している
明治四十二年（1909年）に杮葺であった本堂の屋根を瓦葺に改める。
本堂及び玄関が昭和五十八年四月十五日京都府指定建造物第四号に指定される。
平成六年六月三十日、二年半の工事期間をかけ、本堂の全面解体修理を完了し（杮葺の屋根になる）、現在に至る。

JR山陰本線「花園」駅徒歩10分

妙心寺駐車場利用

養源院

永享4年　（1432年）