寺伝によれば、健保五年（1217）に上賀茂神社の神主、賀茂能久が「霊光の照らした地に一宇を建立せよ」との信託を受け、当寺を創建したと伝えられている。寺名はこの由緒に因み、神光院と名付けられた。以後、密教の道場として栄えたが、天保年間（1830～43）に災厄により堂宇を焼失した。
明治11年（1878）、和田月心により再興され、以後書院等が整備され現在に至っている。

放光山

神光院

1217年（建保5年）

賀茂能久

京都三弘法

仏眼曼荼羅図（重文）