法雲寺は天正十九（1591）年、長翁玉春上人によって開創されました。豊臣秀吉の母親である大政所からの信望が厚かった玉春上人に、秀吉から京都の中心地である四条大宮に、約600坪の土地を賜りました。
ころが天明八年(１７８８)正月、御所の大火の余波を受け堂宇が焼失してしまいました。第十六世示禅上人の時(１８００)、仮本堂、庫裏が造営されましたが、その後再興の目途が立たず、１００年余り頓挫しておりました。ちょうどその時東本願寺勅使御門が建立されており、棟梁である伊藤平左衛門に本堂再建を依頼しました。棟梁はその余材をもって法雲寺本堂建立を完成させ、明治３４年（１９０１）３月、欅を主材とする現在の本堂の落慶に至りました。
現在,法雲寺は京都市内では数少ない風光明媚で、 比叡山を始めとするすばらしい景色を一望することが できる寺院の一つです。