わら天神宮の起源は、太古山背国葛野郡衣笠村(やましろのくにかどのぐんきぬがさむら)に降臨された北山の神で、その成立は平安建都以前と推定されています。天長八年(西暦831年)、この地に氷室が設けられることとなり、その夫役として 加賀国の人々が移住してきました。彼らは移住にあたり、崇敬していた菅生石部神(すごういそべのかみ)の分霊を勧請し、ご祭神をその御母木花開耶姫命と定め、北山の神の西隣に祀りました。 
応永四年(1397年)、足利三代将軍義満による北山第(後の鹿苑寺(金閣寺))の造営にあたり参拝に不便になったことから、 両者を合祀して現在地へ遷座、社号を菅生石部神の通称である敷地神社(しきちじんじゃ)とし、爾来六百年になります。