天元三年（九八〇）、源信によって建立されたという。中興開山は常誉月真。天文二年（一五三三）に了蓮居士が再建して以降、現在の寺号になった。はじめ車屋町三条の北にあったが、天正一八年（一五九〇）に京極錦小路へ移転。江戸期には一二世信誉了伝が堂宇を整備している。本尊の源信作阿弥陀如来座像は雲居寺の遺仏（摂取如来）だと伝わる。明治三四年（一九〇一）、知恩寺内に再移転した。末寺に真空寺を有したが廃絶。なお一七世洞誉文雄の筆に成る同寺所収の資料には貞極とその生家に関する記述が見える

雲居山