天正１３年（１５８５年）豊臣秀吉が叔母（大恩院殿日陽慶春大姉）の菩提を弔うため二条室町西に創建。
開山は天阿岌向上人。 現在も「大恩寺町」と地名が残っている。 永世寺領の朱印を賜う。
天正１５年　（１５８７年）　に京極丸太町　（現寺町丸太町下る東側、下御霊神社の辺り）に移転。 寶永５年　（１７０８年）　３月、大火災になり堂宇焼失後現在地に移る。
現在の地へ移った後も明治維新までは塔頭寺院が三ヶ院も存在した。
現在の本堂は正徳元年　（１７１１年）第九世源譽代に建立。
本尊の三尊仏は寶暦９年　（１７５９年）　に再興。