佛性山と号する浄土宗の寺で、團譽上人（王翁和尚）を開祖とする。
寺伝によれば、源実朝の後室・坊門信子が貞応元年（1222）に、西八条の遍照心院（大通院）内に創建し、自らの法名「本覚」から本覚寺と名付けたのが起こりという。その後、梅小路堀川に移転し、応仁の乱による荒廃の後、細川政元により高辻烏丸に再建され、末寺十四を有する本山となった。その後、後柏原天皇の勅願寺となったが、天正十九年（1591）に豊臣秀吉の命によって現在地に移された。
ここは嵯峨天皇の皇子・源融（光源氏のモデル）の河原院塩竈の第のあった所で、融は鴨川の水を引き入れて池を造り、塩竈の浦（宮崎県）の景観を移し、毎月難波の海（大阪湾）から海水を運ばせては塩焼きをさせて、その風情を楽しんだといわれている。当地の住所、本塩竃町にその名残が見られる。
墓地には、江戸中期の八文字屋本と呼ばれるベストセラーを相次ぎ刊行した出版社の全盛期を築いた八文字屋自笑の墓がある。

<h3>八文字屋自笑のお墓</h3>
江戸中期の出版屋。境内に笠塔婆が立つ。