寛平九年（897）宇多天皇の勅命により創建されたと伝え、以後、この地の豪族宮道氏の祖神として、また山科一ノ宮とも呼ばれてこの地の産土神として人々の崇敬を受けて栄えてきた。
盛時には、社領を丹波、山城に持ち、社殿の規模も大きかったが、度々の兵火のために焼失し、現在は三問社流造の本殿および権殿、拝殿、神庫などが残っている。
また、元禄十四、五年（1701〜02）赤穂浪士の大石良雄が山科の里に隠棲していたが、その時当社奥の院岩屋神社に参篭して、大願成就を祈ったと言われている。