護法山と号する天台宗の門跡寺院で、春の枝垂桜と秋の紅葉が美しい山科の名刹として知られている。
寺伝によれば、大宝三年（703）に上京区の相国寺の北に創建された出雲寺が起こりと伝えられ、延暦年間（782〜805）に最澄（伝教大師）が自ら作った毘沙門天を安置したことから、毘沙門堂と呼ばれるようになったという。
平安末期以降、度重なる戦乱で荒廃したが、天台宗の僧・天海とその遺志を継ぐ弟子の公海により、江戸時代の寛文五年（1665）に現在地に再建された。その後、後西天皇の皇子・公弁法親王が入寺し、以降、皇族や摂関家の子弟が門主を務める「門跡寺院」となった。
正面の本堂に本尊の毘沙門天が祀られている。左奥に宸殿は後西天皇の旧殿を賜ったもので、狩野益信の筆による、見る角度によって目や顔の向きが変わる「天井の龍」や、逆遠近法で描かれた「九老之図」などの襖絵が有名である。その奥には晩翠園と名付けられた池泉回遊式庭園がある。

JR琵琶湖線・市営地下鉄東西線「山科駅」・京阪京津線「京阪山科駅」より徒歩20分