室町時代、応仁・文明の乱（1467-1477）によって京都の多くの寺院が荒廃し、宝塔寺も例にもれず永らく焼失したままとなっていた。
天正１８年（1590年）にようやく、日銀（ 妙顕寺12世日堯の弟子、宝塔寺の８世となる）によって再興され妙顕寺の末寺となり、その日銀の弟子だった日利（妙顕寺20世）が開いたのが慈雲院である。
明暦3年（1657年）創建で、明治期に同じく塔頭の玉泉院を併合した。
妙顕寺の日利は本圀寺（ほんこくじ）の日隆（にちりゅう、本能寺開山）、小倉山の日現（池上本門寺11世）と並んで傑出した弟子として、日莚（にちえん、妙顕寺17世、身延山久遠寺29世）の葬儀にも３人が馳せ参じたと「隆源院日莚上人略伝」にある。

深草山

慈雲院

1657年(明暦3年)

日利上人