平安時代前期の嘉祥年間（848-851）に藤原基経が発願、昌泰２年（899）藤原時平（ときひら）が大成した真言宗「極楽寺（ごくらくじ）」が前身と言われています。
この極楽寺は源氏物語の33帖「藤ノ裏葉」に登場するお寺です。

徳治２年（1307）住持良桂（りょうけい）が日蓮の法孫日像（にちぞう）に法論で論破され帰依したため、日蓮宗に改宗されました。

その後、応仁の乱などの影響により一時荒廃しましたが、安土桃山時代の天正18年（1590）に第8代・日銀（にちぎん）が再興し寺名を寶塔寺と改称しました。
この寺名は日像が生前京都に通じる七つの街道の入口に建てた法華題目の石塔婆の一つを、日像廟所に奉祀したことに因んでいます。

深草山（じんそうざん）