寺伝では真言宗荘厳院と称するも、延慶元年（1308）時の住職實典が日像上人と問答し、寺檀ともに帰依し、日蓮宗に転宗し、現寺号に改号する。天文法華の法難で焼亡するも、文禄元年（1592）京立本寺１２世教蔵院日生上人によって再興される。慶長元年（1596）、あるいは天正13年（1585）再建との伝もある。
大正13年時の住職日威上人によって全建物が改築され、現在に至る。
立本寺20世貫主･霊就院日審上人廟所。
一世将棋名人･初代大橋宗桂墓所。