城南宮から南南西800ｍの京都市伏見区下鳥羽城之越町6に鎮座する、境外摂社である。御祭神は、荷田龍頭田（かだのりゅうとうだ）の祖先の霊をお祀りしている。
江戸時代の文書に「荷田龍頭田の田に、祖先の霊が白い鳥となり稲の実を口に含んで飛来した。そこで龍頭田は祖先の霊を祀り飛鳥田神社と名付けた。弘仁七年（816年）に官社に昇格したが、神社一帯に東福寺が建てられることになり、建応元年（1239年）にこの地に建てられた。」と記されている。