大通院は、元伏見にあった大光明寺（現在相国寺塔頭）の境内に、伏見宮始祖大通院宮栄仁親王の菩提所として建てられたものです。応永２３年（１４１６）栄仁親王ご逝去の後、当時伏見にあった大光明寺の境内に、親王の謚（おくりな）に因んで「大通院」の名称で寺が創建され、開祖は夢窓国師とされました。
１６００年代初めに大光明寺が中興されて相国寺山内に移され、それとともに当院も相国寺に移されます。
安永２年（１７７３）中興の祖として誠拙周樗和尚（大用国師）が僧堂を開創され、文化元年（１８０４）に当院は現在地に移り、現在の選佛場（坐禅堂）が落成しました。
喜永４年（１８５１）大拙承演和尚が、現在の本堂・庫裡を建て、大通院と僧堂の重要な役割をはたすものとしました。明治初年（１８６８）には大智院も併合し、現在に至ります。
当院は、相国寺修行道場「専門道場」を兼ねています。坐禅堂は四方単の大規模な禅堂であり、日夜雲水（修行僧）が坐禅や托鉢に励んでいる。

釈迦如来

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萬年山

大通院