式内社。古代(奈良時代-平安時代)の磐坐(いわくら)信仰により、金蔵寺護摩堂の奥にある「御香泉」と呼ばれる井戸の上に創建されていた。雲生水とも言い、清冽な湧水があり、当山唯一の清泉の上に祀られ、清水を神格化した古社である。明治6年6月村社、明治10年6月延喜式内社に確定、京都府庁より達しあり、『三代実録(901) 』元慶4年(880)10月13日の条に、山城国正六位上石座神（石井=石座）に従五位下を授けたとある。『山城志』(十八世紀前半)に、「今称金蔵寺鎮守神」とある所から推して、金蔵寺は石井神社の神宮寺であったと思われる。元々は金蔵寺護摩堂の北に鎮座していた。坂本の氏子達が参拝しやすいように近くに遷座して欲しいとのことで、昭和28年に山王社のある現在地に移遷した。 石井神社跡は今も雲生水の出る岩蔵山にある。平成3年3月10日、本殿に貂が入って破損していたのを修理後、神霊を入れる厨子（ずし）を大工塚本清次氏に新調して下さり御霊を移した。

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八朔祭　9月第一日曜日
 例祭　10月21日
御火炊祭　12月14日
除夜祭・大祓　12月末