当寺は、奈良唐招提寺末で律宗である。鎌倉時代正嘉年間（1257〜1259年）に九州宇佐八幡宮の喜多院に準じ、石清水八幡宮の法務寺院として、八幡宮第27代検校善法寺宮清が自分の邸宅を僧坊として喜捨し、奈良東大寺より実相上人を招いて開山した。
また、当寺は足利氏とゆかりがあり、特に宮清のひ孫である良子が、二代将軍義詮に嫁いで、三代将軍義満を産んだ。そのため、義満・義教・義政と、歴代の将軍が何度も参詣している。
義満の母・良子は、善法寺家の菩提寺である当寺へ多くの紅葉の樹を寄進し、今も約百本の紅葉が茂っている。春は萌える新緑、秋は深紅の紅葉が美しく、当寺は「もみじ寺」と称されるようになった。

善法寺宮清／実相上人