十二神社の祭神は、神社本庁に「宇気母智大神」と登録されている。宇気母智大神とは、「食物の神様」であり保食の神とも記され、五穀を司どる神と言われている。
十二神社は、十二柱の神々という意味で、十二柱は天神七代と地神五代からなり、生命の発展並びに伸長の源になる大神とされ、これらを祀ってある事に社名の由来があると言われている。

９月１２日   大祭