元法印正善の時『小字本田に小祠あり（口傳）』」とあり、当神社は現在の処より北にあったといわれております。また近くに成就寺という寺があり、元法印正善は住職と神官を兼ねておりました。その後の代の法印善海が「東蕗田の地に菅原道真公をお祀りするお社を造るように」という霊夢の物語を京都北野梅松院に奏上したことにより、其の事を白川家に懇請し、勅宣を以って北野天満宮より御霊を分祀し、東蕗田の地に正応元年（1288年）2月18日に創建されました。長き歴史を経て東蕗田の天神様として親しまれております。