寛永二年（１６２５年）に松前藩の河野加賀守源景広が祠を建て武運長久を祈願したのが始まりとされる。
言い伝えによると、天保二年一月十五日（１８３１年）の早朝に、神社守の夢枕に「ご神体を潔めよ」とのお告げがあり、佐女川の水で自身を清めご神体を抱いて海岸の望んだところ、河口に大鮫が現れその背中には美しい白衣をまとった女性の姿が見え、神の使いであると信じご神体を何度となく沐浴させた。
その年から豊漁豊作が続いたため、現在でも寒中みそぎ祭りが行われているという。
現在は１／１３－１５にかけみそぎ祭りが行われており、行修者と言われる４人の若者が１／１３から佐女川神社にこもり水ごりを行い、１／１５にみそぎ浜において、別当・稲荷・山の神・弁財天の四体のご神体を潔め、一年の豊漁豊作などを祈願するとのこと。
＊＊函館市公式観光情報より＊＊
＊＊ＪＲ北海道めぐレールきこまっぷより＊＊