華蔵院は、永正元年(1504)に皓海上人が赤井大門に創建され、その後比良に移転しましたが、焼失し、寛政5年(1792)に現在地に移転しました。
現在の本堂はその時に建立されたもので、現在、本堂新築の予定があります（※平成6年資料書籍当時）。
本尊は大日如来で、右側には不動明王、左側には愛染明王が祀られ、他には文殊菩薩が安置されています。
本堂の欄間には、「天明5年(1785)昭興代・宮内佐左衛門」と墨書きされており、今から200年以上前に建立されたことを証明しています。
境内には享保12年(1727)に建立された釈迦堂、宝永3年(1706)に平窪酢釜に建立された観音堂、享保3年(1718)に赤井田中に建立された地蔵堂があり、観音堂には聖観音と不動明王、弘法大師・興教大師尊像が祀られています。
また、華蔵院は赤井小学校発祥の地であることも知られています。