当社は福島県石川町の中央、通称八幡山に鎮座し、境内は三芦城（石川城）の跡地として県及び町の史跡に指定されており、古くより山岳信仰の場として山そのもの、又参道両側に点在する磐境（巨石）が信仰の対象として、土着の人々に崇敬されていたと思われます。
　当社は延喜5年（905）にまとめられた「延喜式神名帳」記載の白河郡七座の一つに数えられている古社であり、また陸奥ノ国一ノ宮にも数えられる。江戸時代には「石都八幡宮」と呼ばれていたと言われており、福島県棚倉町の都都古和気神社は最初は一つだったという話もあり、当社と福島県古殿町の伊波止和気神社で近津三社にする説もある。
　石都々古和氣神社の創始は地方の伝承によれば、飛鳥時代（614－669）に藤原氏の祖、大臣鎌足（藤原鎌足）が「味鋤高彦根命」を「筒子山」に祀ったのが始まりとされており、延暦年中（782～806）には福田利人が祠を営んで、「味鋤高彦根命」を祀り、康平5年(1062)に初代福田安芸守源有光（初代石川有光）が八幡山に、三芦城を築いた。築城中、当社を假に高田五里石の千勝大明神の地（当社の東400m程の近津神社）に遷座した。治暦2年(1066)9月これを旧社に還遷し、石川有光は陸奥国平定の際に源頼義が勧請した源氏の氏神である石清水八幡宮の御分霊（大国主命・誉田別命）を当社に合祀し、そのとき石川有光の末子有祐が外祖父神祇職吉田（卜部）兼親朝臣の養子となり、吉田左衛門尉（初代神官吉田家当主）と名を改め当社神官となった。(上記サイトより)