高井町の北東端に「天神原」と呼ばれる所がある。昔浮穴の連（むらじ）、千継が天神地祗七柱の神を祀った所と言われる。仁和４年（８８８）２月及び延喜元年（９０１）２月の二度、菅原道真公がこの地に寄られ、この神社に幣を奉り給うた伝説の地でもある。菅公が大宰府に亡くなられた後、天慶５年（９４２）９月国司河野氏がこの社内に小祠を営み公の霊を祭った。即ち高井天満宮と社号を称する所である。また窪天満宮とも呼ばれた。
延久３年（１０７１）８月伊予国司源朝臣頼義、河野権守越智宿袮親経らが山城国の岩清水八幡宮を勧請して七柱の神と共に合祀してから社号を旗頭八幡宮と改称した。
江戸時代に入って準八幡宮の内に加えられ、明治初年、社号を高井八幡宮と改称現在に至っている。