聖武天皇の御代、神亀５年（７２８）、伊予の豪族越智玉純が、大三島より勧請し、石井郷一宮三島大明神と称した。
　後に、嵯峨天皇の皇子寛王が、伊予の国司として赴任されたが、貞観１８年（８７６）この地で亡
くなられ、神社の傍らに遺骸を葬り、神霊を合祀したことから、社号を墓邊神社と改称した。
　その後、陽成天皇の御代、元慶２年（８７８）、従五位下の階位を授けられたと三代実録にある。
　後世、墓の字を忌み波賀部神社に改めた。
　永禄、元亀年間に、大友義純、長曾我部元親が乱入した際には、三島大明神の社名額を掲げて危難を免れ、以後、王塚三島大明神と称えたが、明治１４年、官許を得て、波賀部神社に復した。

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　１月　１日　歳旦祭
　２月中旬　 祈年祭
　５月　３日　春季祭
　７月３１日　夏越祭（大祓）
１０月５～７日　秋季例大祭
１１月２３日　新嘗祭