開山、開祖は不詳。
もとは大岡白山宮の別名称で天台宗の寺でしたが、文和元年（1352）大岡の郷主であった定胤が浄土の仏門に出家し、その後、玄覺院を貞胤坊に改称して真宗へと発展していきました。
第4代の住持•印立の時に徳川家康公により寺領の黒印を拝領し、この時に定胤の文字を貞印に改め、坊を寺として貞印寺となりました。
明治元年（1868）現在地に移転。
明治23年（1890）2月、山門以外の建物を焼失。
明治40年（1907）上棟•遷仏の式典が行われる。明治中期以降、長年の歳月をかけて完成された。