創立は不詳。
境内に屯倉址の碑が大正4年11月に建てられている。これは屯倉（みやけ）がこの地にあったことを示している。三宅は少なくとも1400年の昔からの聚落であって、大和朝廷の御料の御田があり、そこから収穫された籾米を納め置く米ぐら（屯倉）が設けられたことは、日本書紀に記載されている。
社は、永禄2年（1559）平手政利が片原一色村から三宅村に居住した時に、屯倉の古蹟に牛頭天王を祀ったといい伝えられている。
社に享和3年（1803）、文政8年（1825）の棟札があるが、それぞれ奉遷宮牛頭天王社、奉遷宮三宅牛頭天王と書かれている。
明治3年11月、犬山藩社寺懸りから屯倉社と改号。
明治6年8月、村社に列格。
当社と津島神社との関係は深く、「尾張国名所図会」に津島に座す牛頭天王は、初めこの地に居給いしが洪水に流れて津島に移り給いしと伝う、ここを津島の元宮といえり、と記す。
拝殿は津島神社の仮祝詞舎を無償にて譲与を受けたものである。
（『平和町誌』より）

不詳