寛永15年(1638年)、「円行坊」として圓柔院日宣大徳により創立。
中興 玄中院日昌上人。昭和15年に寺号「圓行寺」を公称。
第23世 龍光院日慎上人の時に現在の本堂・山門・庫裡・玄関を建立。
平成15年に客殿を再建。