社伝によれば皇極天皇2年（643）3月勧請。同年3月上丁の日勅使を以って祭典執行ありという。
「延喜式神名帳」に葉栗郡黒田ノ神社「本国帳」に従三位黒田天神と記せる古社である。両部神道の盛んなりし時代、白山神社を勧請合祀す。
慶長元年（1596）黒田城主一柳監物家臣満志田彦三郎をして本社を再建せられた。
明治5年、村社に列格。
明治40年10月26日、指定社となる。
昭和18年6月1日！郷社に昇格。
疱瘡の神として霊験著しいとて崇敬さる。
9等級、郷社。
（『愛知縣神社名鑑』より）