創建は明らかでない。
延喜神名帳の黒田神社は当社であると伝えられている。
「由緒碑文」には上門間の荘松枝の郷黒田の里は往昔木曽川が降雨のたびに氾濫し五穀の豊穣を得ることが出来なかった。皇極2年（643）3月上丁の日初めて瀬織津比咩命淀比咩命を勧請祭祀すると積年の水害を免れるようになったとある。
「こもり」の由来については市辺押磐皇子が殺された時御子憶計弘計が危害をさけて当神社の森林中にて御籠檻のまま御寝息座しによりついたとする説と吉野信仰が盛んな頃、吉野の水神籠守神社を附合し混淆するに至ったとする説がある。
明治5年5月、郷社に列格。
昭和55年3月、社殿を造営。
9等級、郷社。
（『愛知縣神社名鑑』より）