御縁起によると、大同二年（八〇七年）林崎地区の東方石城嶽の大明神沢の岩窟に熊野権現が祀られ、後旧荒宿村に降神、熊野堂として石祠に祀られた。
　熊野権現は永承年中（一〇四六年）から正安二年（一三〇〇年）の間に当地に遷座され、歴史変遷と共に尊号を「熊野明神」と改め、地元民に祖神として崇敬信仰された（祖神・熊野神社の草創）
　天文年間に抜刀（居合道）の祖・林崎甚助源重信公が祖神「熊野明神」に祈願参籠し修行に励み、祖神「熊野明神」より「神妙秘術の純粋抜刀」の奥旨を神授され、京にて見事父の仇を討ち本懐を遂げた。
　後世、その英霊を思慕し、崇めて重信公を神格化「居合明神」として祖神「熊野明神」の境内の一角に祀った（居合神社の草創）
　明治の神仏判然令に伴い、祖神「熊野神社」に「居合神社」を合祀し、明治十年（一八七七年）明治政府に公認され「熊野・居合両神社」の正式神社名となり今日に至る。