1741年（寛保元年）には付近の守護神として崇められていた。当時は熊野社として鎮座していた。

1934年（昭和9年）に近くにあった琴平神社を合祀すると同時に指定村社に昇格。

1973年（昭和48年）に奥田神社に社名変更。