僧・太宗が開いた草庵『太宗庵』が前身で、慶長元年(1596年)頃にさかのぼります。内藤家五代目の正勝が寛永6年(1629年)に没し、太宗寺へ埋葬され、以後歴代の墓所になりました。
宿場である内藤新宿の中にあったことから、多数の参詣者があり、門前町も発展しました。明治以降も新宿の発展とともに境内が整備されましたが、昭和20年の東京大空襲で火災に遭い、大きな被害を受けました。
境内は「新宿ミニ博物館」として、江戸六地蔵のひとつである『銅造地蔵菩薩坐像』のほか、『閻魔像』、『奪衣婆像』、『内藤家墓所』、『切支丹灯籠』『内藤家墓地出土品』などが見学できます。

東京メトロ新宿線新宿御苑前駅徒歩1分
都営新宿線新宿三丁目駅徒歩3分
東京メトロ副都心線新宿三丁目駅徒歩7分