永順が本尊の聖観世音菩薩を勧請して観音堂を築いたのが創建とされます。当初は蓮花山金乗院と称し、中野宝仙寺の末寺でしたが、のちに神霊山金乗院慈眼寺と改め、護国寺の末寺となりました。昭和20年４月13日の城北大空襲で焼失。現在の本堂は昭和46年に再建されたもの。なお、境内の目白不動堂は空襲で焼失した新長谷寺を合併した際に移転してきました

天正年間（1573～1592）

永順

・江戸五色不動（目白不動）
・関東三十六不動霊場第14番札所
・江戸三十三観音大14番札所
・御府内八十八ヶ所霊場第38番札所
・東京三十三観音霊場第23番