当神社は天照大御神をはじめとする天神七代、地神五代からなる十二代の大神が祀られているところから十二所神社とよばれております。創立は元明天皇和銅元年の頃と言われております。その頃鎮座地三ツ木は貢という文字で書かれ、貢物を調製して奉るという意味を表していました。同時に初穂を奉る式を当神社において行われるようになったと言われております。
明治三十九年十一月に無社格の山王社、愛宕神社、神明社を合祀しました。その他境内地には八坂神社、疱瘡神神社等が鎮座しております。例大祭は十二所神社が四月八日、八坂神社が七月十五日となっております。