これまでは千住回向院の境内の一部であった。明治時代、常磐線の敷設により南北に分断され、事実上飛地となっていたのを分離して寺を創建した。
当寺の境内は小塚原刑場の跡地にあり、刑死者の菩提を弔う「首切地蔵」と呼ばれる地蔵菩薩像がある。
また当寺の所属宗派は浄土宗であるが、髭題目という日蓮系宗派独特の書体で書かれた「南無妙法蓮華経」と刻まれた題目塔も存在する。
江戸のお仕置場（刑場）は、品川の鈴ヶ森刑場と千住の小塚原刑場の二つである。
小塚原の刑場は、間口60間（108m）、奥行30間余（54m）で、明治のはじめに刑場が廃止されるまでに、磔・斬罪・獄門などの刑が執行された。首切り地蔵は、この刑死者の菩提をとむらうため寛保元年（1741）に造立されたものである。