御祭神水若酢命は、海中より伊後の磯島に上られ、山を越えてこの里に入られ、国土開発、海上鎮護、北方防備の任に就かれた神と伝えられている。
  当社は昔、火災・水害の難にあい、古文書社宝等はほとんど失われた為、由緒は明らかではないが、『延喜式神名帳』に「隠岐国隠地郡水若酢明神、隠岐一宮」と記されている古社である。
  鎮座年代は僅かに残っている古文書には仁徳天皇、又旧記には崇神天皇の御代とあって、古来五穀豊穣海上守護・航海安全神として朝野の崇敬篤く明治四年、国幣中社に列せられた神社である。