当社は等波神社と称し、祭神は白鳳十三年（684）に神社の奇瑞を得て鎮座されたと伝えられる。
天明七年（1787）に社殿神賽ことごとく類焼し、一時御神体を当時里之内常宮権現社に奉還したが翌年社殿を再興し、以後明明治の初めには新社殿に常宮権現社祭神の仲哀天皇・神功皇后を合祀し現在に至っている。