水観寺の歴史は、長久元年（1040年）に始まります。この年、かつて存在していた園城寺大門（現在の園城寺町交差点の西側、石垣のみが残る）の北東一帯に、明尊大僧正によって創建されました。明尊大僧正は、小野道風の孫であり、本朝唯一の八宗総博士という高名な人物です。創建時には本堂、法華堂、三重塔などの大伽藍が建立され、東西に総門を備えた壮麗な寺院でした。その後、園城寺中院の別所寺院としての役割を担うことになりました。
水観寺は、創建当初は十一面観音を本尊として祀っていました。しかし、文禄4年（1595年）、豊臣秀吉の怒りを買った園城寺が寺領を没収され、廃寺となると、十一面観音像も行方不明となってしまいました。寺院としての活動も衰退し、かつての栄華を失うこととなりました。
豊臣秀吉が没した後、園城寺は再興され、これに伴い水観寺も復興の道を歩みます。慶長6年（1601年）、園城寺長吏准三宮道澄大僧正によって再建が行われ、この際、薬師堂に安置されていた薬師瑠璃光如来像が新たな本尊として迎えられることになりました。この薬師瑠璃光如来は、病気平癒や健康を祈願する多くの人々に信仰されてきました。
現在の水観寺本堂は、明暦元年（1655年）に再建されたものです。長い年月を経たこの本堂は、1984年（昭和59年）に滋賀県指定有形文化財に指定され、1988年（昭和63年）には解体修理が行われ、現在の位置に移転されました。この移転により、寺院はより整備された形で現代にその姿を残すことができました。
水観寺の本堂は、明暦元年（1655年）に再建され、その後、1988年に現在の場所へ移設されました。この本堂は、江戸時代の建築様式を今に伝える貴重な建築物であり、滋賀県指定有形文化財として保護されています。本堂内には、薬師三尊像が安置されており、さらにその周囲には十二神将も配置され、厳かな雰囲気を醸し出しています。
本堂に隣接して弁天堂が建てられており、こちらも1988年に現在地へと移転されています。また、寺院を支える重要な建物である庫裏も境内にあり、寺院の日常生活が営まれています。

長久元年（1040年）

明尊大僧正

県指定有形文化財
・本堂
・鰐口（ 琵琶湖文化館寄託）

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