元禄三年（一六九〇）奥の細道の旅を終えた松尾芭蕉（一六四四～一六九四）は、膳所ぜぜの義仲寺に滞在していましたが、膳所藩重臣で門人の菅沼曲水（曲翠）の勧めで、四月六日から七月二三日まで、大津の山中にあった庵に四ヶ月ほど滞在しました。そこは近津尾神社がある国分山の中腹で、その庵は元々曲水の伯父の幻住老人（菅沼定知）の隠居所だったことから幻住庵と言われていましたが、幻住老人の歿後荒れ果ててたものを、芭蕉が膳所を訪れたことから曲水は手を入れ、芭蕉が俗世を離れ静かに暮らせるようにと提供したのです。芭蕉は幻住庵を出てから四年後の元禄七年（一六九四）十月、大坂で客死し、遺言により義仲寺の木曽義仲の隣に葬られています。
幻住庵の建物は曲水により膳所の中庄に移築され、さらに別保に移され俳諧道場となったそうです。
現在幻住庵は曹洞宗の尼寺となっており、松尾芭蕉と曲翠の位牌・幻住庵の古額・芭蕉の木像・曲翠の手紙が保存されているそうです。