微妙寺の創建は、正暦5年（994年）に遡ります。この年、園城寺南院の現・長等公園や大津大神宮の西南一帯に、慶祚阿闍梨（けいそあじゃり）によって設立されました。当初は本堂や薬師堂、三重塔が建てられており、後に園城寺南院の別所寺院としての役割を果たすようになります。特に、この頃の微妙寺は広大な境内を持ち、多くの参拝者が訪れていました。
文禄4年（1595年）、豊臣秀吉の怒りにより、園城寺が寺領を没収され、これに伴い微妙寺も衰退の道を歩むことになります。廃寺状態となり、かつての栄華は失われてしまいました。しかし、秀吉の死の直前に園城寺は再興され、これに伴い微妙寺の本堂も再建されることとなります。再建された本堂は、その後の火災により焼失しますが、安永5年（1776年）に再び本堂が建てられ、今日に至るまでその姿を残しています。
1979年（昭和54年）、創建以来の地から微妙寺は園城寺境内へと移転されました。この際、微妙寺は園城寺の中院に所属することとなり、これにより寺院の位置づけや佇まいも大きく変わりました。移転に伴い、寺院の門や塀は設けられておらず、園城寺の一部として溶け込むように存在しています。
微妙寺の本尊である十一面観音立像は、平安時代に作られたもので、檜の一木造りという技法で彫られています。この立像は重要文化財に指定されており、かつては尾蔵寺（おぐらじ）の本尊として信仰されていました。この観音像は、参拝者があまりにも多く、参拝者の笠が押し合うためにしばしば破れるという逸話が残っており、「笠ぬげの観音さま」として親しまれてきました。現在、この十一面観音立像は、園城寺の文化財収納庫に展示され、保護されています。

園城寺境内内に数か所あり

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