667年に天智天皇により飛鳥から近江に都が移され、近江大津京が開かれました。
672年、前年の天智天皇の永眠後、大友皇子（天智天皇の子：弘文天皇）と大海人皇子（天智天皇の弟：天武天皇）が 皇位継承をめぐって争い、壬申の乱が勃発。 壬申の乱に敗れた大友皇子の皇子の大友与多王は父の霊を弔うために 「田園城邑（じょうゆう）」を寄進して寺を創建し、 天武天皇から「園城」という勅額を賜わったことが園城寺の始まりとされています。
勝利をおさめた大海人皇子は再び飛鳥に遷都し、近江大津京はわずか五年で廃都となりました。 
三井寺と呼ばれるようになったのは、天智・天武・持統天皇の三帝の誕生の際に 御産湯に用いられたという霊泉があり「御井の寺」と呼ばれていたものを後に 智証大師円珍が当時の厳義・三部潅頂の法儀に用いたことに由来します。
現在、金堂西側にある「閼伽井屋」から湧き出ている清水が御井そのものとされています。 
貞観年間(859～877)になって、智証大師円珍（ちしょうだいしえんちん）和尚が、 園城寺を天台別院として中興されてからは、 東大寺・興福寺・延暦寺と共に「本朝四箇大寺（しかたいじ）」の一つに数えられ、 南都北嶺の一翼を担ってきました。 
円珍の死後、円珍門流と慈覚大師円仁門流の対立が激化し、 正暦四年（993）、円珍門下は比叡山を下り一斉に三井寺に入ります。 この時から延暦寺を山門、三井寺を寺門と称し天台宗は二分されました。
その後、両派の対立や源平の争乱、南北朝の争乱等による焼き討ちなど幾多の法難に遭遇しましたが、 智証大師への信仰に支えられた人々によって支えられ、その教法は今日に伝えられています。

<h3>国宝・重要文化財は百余点を数える天台寺門宗の総本山</h3>
<h3>西国三十三カ所第十四番札所</h3>

開基：大友与多王　中興：智證大師円珍

西国三十三所観音霊場第十四番札所
近江西国三十三観音霊場第五番札所
西国薬師四十九霊場第四十八番札所
江州三十三観音霊場第三番・第四番札所
湖国十一面観音菩薩霊場第一番札所
びわ湖百八霊場第五番・第六番札所
神仏霊場巡拝の道第百四十七番札所

金堂（国宝）
仁王門、釈迦堂、鐘楼、閼伽井屋、霊鐘堂、一切経蔵、唐院、毘沙門堂、三重塔、千手観音立像、不動明王坐像、訶梨帝母倚像、護法善神立像、吉祥天立像、愛染明王坐像、智証大師坐像（国指定重要文化財）
観音堂（県指定文化財）