社伝によれば、その創建は、弘仁元年（８１０）、下阪本の梵音堂（下阪本四丁目）にある磊 （大きな石）から酒が涌きだし、その酒の精は大山咋神であるとの神告をうけたため、人々は社を建てて磊を神体として祀るようになったといわれます。この場所は、旧社地として今も残っております。元亀二年（１５７１）、織田信長の比叡山焼き打ちによって罹災しましたが、小牧栄偆が両社を守護して伊香立村へ逃去り、其処に小祠を建て守護し、天正十六年（１５８８）に帰村し、社殿を再建。 現在の本殿は、棟札によって、元和六年（１６２０）に広島藩主浅野長晟によって建立されたこ とが知られます。現在の社地に移されたのもこの時であります。社地が大変狭かったので小牧栄偆が私有地を寄進し、合殿を離して酒井・若宮の両社となりました。 本殿は、一間社流造で屋根は檜皮葺、滋賀県指定文化財。 また、酒井神社では、正月六日から八日まで五穀豊穣を願う「おこぼさん」がおこなわれてお り、大津市指定の無形民俗文化財となっています。