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日本武尊の東征の際、日本武尊の軍勢は道に迷ってしまった。すると神鹿が現れ、道案内をした後、力尽きて斃れてしまった。日本武尊はこの神鹿を塚に葬り、その塚の上に祠を建てた。これが小鹿神社の起源である。この塚は考古学上は「小鹿塚古墳」と呼ばれている。やがて、この辺一帯は「小鹿野」と呼ばれるようになった。
1652年（慶安5年）、小鹿野の町が開かれた際に小鹿塚の上にあった神社から分霊を勧請して町の入り口に神社を創建した。
なお、元の小鹿塚にあった神社は近くの諏訪神社に移転し、小鹿神社となっている。
1910年（明治43年）の集中豪雨で境内が陥没してしまった。折からの政府による神社合祀政策もあり、近くの諏訪神社に移転した。
なお、氏子たちの要望もあり旧本殿は境外社として残されている。
（Wikipediaより）

慶安5年（1652年）